Здравното обслужване в община Самоков се осъществява от 39 регистрирани индивидуални практики за медицинска помощ, от които 20 с договор с РЗОК. На територията на община Самоков има регистрирани 60 специализирани медицински практики, от които 29 с договори с РЗОК. Индивидуалните практики по дентална медицина са 40, от които 20 с договор към РЗОК. В предвид тенденцията за застаряване на населението, през последните няколко години, както и следствие на пандемията от COVID-19 се наблюдава повишение на заболявоемостта сред жителите на общината.
На територията на община Самоков има действащи 2 медицински центъра, като договор с РЗОК има само един.
Болничната помощ се осъществява от Многопрофилна болница за активно лечение с 228 легла.
Спешната медицинска помощ се осъществява от 1 филиал на ЦСМП – Софийска област.
Функция „Здравеопазване” е част от общата структура на отдел „Общинско здравеопазване и социални дейности“ на Община Самоков, като извършва следните дейности:
Координира провеждането на здравната политика на територията на община Самоков; Координира дейността на МБАЛ Самоков;
Контролира и координира дейността на медицинските специалисти в детски градини и училища на територията на община Самоков;
Организира дейността по отпускане на еднократна финансова помощ за лечение на безплодие на семейства и лица с репродуктивни проблеми, живеещи на семейни начала от община Самоков;
Координира и контролира дейността на здравните кабинети в училищата и детските градини на територията на Община Самоков, които са 23 и се обслужват от 15 медицински специалисти (лекари и медицински сестри).
В Община Самоков има назначени 3 (трима) здравни медиатори, разпределени както следва: двама в гр. Самоков и един в с. Ковачевци. Дейността им е насочена към:
- подпомагане на достъпа до здравни и социални услуги за всички, които са в неравностойно положение;
- подобряване на качеството на здравните и социалните услуги;
- повишаване на здравната култура на уязвимите групи;
- повишаване на информираността по отношение на здравната система.